თამაშ «S.T.A.L.K.E.R.: Зов Припяти»-ს მოვლენები ხდება თამაშ «S.T.A.L.K.E.R.: Тень Чернобыля»-ში მომხდარი მოვლენების შემდეგ. რადგან ცენტრის ზონაში შესვლა უკვე შეიძლება, მთავრობა გადაწყვეტს ჩაატაროს ფართომასშტაბიანი სამხედრო ოპერაცია, კოდური დასახელებით ”ფარვატერი”. ოპერაციის მიზანია ატომური ელექტროსადგურის გაკონტროლება სამხედროების მიერ.სამხედროების პირველი ჯგუფი ტერიტორიის საჰაერო დაზვერვის მერე აპირებს კარტოგრაფირებას, რაც საშუალებას მისცემს სამხედროთა ძირითად ჯგუფებს, უსაფრთხო მარშრუტებზე გადაადგილდნენ. მაგრამ გეგმა ჩავარდება - ვერტმფრენების უმრავლესობა განადგურებულია. მიზეზის გასაგებად, უკრაინის უშიშროების სამსახური თავის აგენტ ალექსანდრე დეგტირიაევს აგზავნის ზონის ცენტრში. მისი მიზანია 5 დაკარგული ვერტმფრენის მოძებნა, რადგან თითოეულ მათგანში არის რაღაც ინფორმაციის ცალკეული ნაწილი. თამაშში არის სამი დაჯგუფება — «Долг», «Свобода», «Бандиты». მიერთება რომელიმე მათგანთან არ შეიძლება, მაგრამ შესაძლებელია მათთან თანამშრომლობა ან მტრობა